Faire face aux bactéries résistantes

Ça ne vous dérange pas, vous, de savoir qu’une minable petite bactérie est capable de tuer, si elle est de bonne humeur, des milliers d’hommes en quelques semaines? L’efficacité de ces microbes 10 à 100 fois plus petits qu’une cellule humaine ne cessera jamais de nous étonner. Avec l’avènement des antibiotiques dans les années 1940, nous pensions avoir enfin trouvé la solution pour les vaincre à tout jamais. Rira bien qui rira le dernier. Car à peine un demi siècle plus tard, c’est l’affolement général qui prend son envol: plus nous consommons des antibiotiques, plus les bactéries développent des souches résistantes à ces derniers (lire notre article «Surconsommation d'antibiotiques: il faut agir»).

Chaque année, 14 millions de décès dans le monde, dont près de 25 000 en Europe, sont dus à des infections bactériennes. Et ces chiffres ne sont apparemment pas près de baisser. Il faut donc absolument agir, sans quoi ce sera le retour à l’ère pré-antibiotique. «Imaginez qu’on perde les quinze ans d’espérance de vie que nous avons gagné avec la découverte des antibiotiques»,s’exclame le Dr Karl Perron, bactériologiste, lors de la 6^e Journée de microbiologie de l’Université de Genève. «Imaginez que nous ne puissions plus utiliser des traitements immunosuppresseurs, qu’on n’ait plus accès à la chimiothérapie à cause des infections, qu’on ne puisse plus faire des opérations invasives?»,poursuit le spécialiste avec ferveur. «C’est tout simplement inconcevable avec notre système de santé actuel. Nous devons donc absolument trouver de nouvelles molécules antimicrobiennes».

Trop long, trop cher

La solution la plus évidente, c’est de développer de nouveaux antibiotiques capables de vaincre les bactéries les plus résistantes. C’est dans nos capacités. Le problème, c’est que ce processus prend du temps. Il faut compter une quinzaine d’années pour développer un nouvel antibiotique. Comme le remarque le Pr Patrick Linder, chef du département de microbiologie et de médecine moléculaire de l’Université de Genève, «si, dans un ou deux ans, une épidémie de bactéries résistantes devait surgir, nous n’aurions tout simplement pas le temps de développer un antibiotique capable d’agir dans les temps». Autre problème majeur, le coût: 1,3 milliard de dollars, c’est le coût approximatif de la production d’un nouvel antibiotique. Pour les compagnies pharmaceutiques, une telle entreprise n’est tout simplement pas rentable. Pourquoi dépenser son temps et son énergie dans des médicaments qui ne rapportent pas? C’est ridicule. Prenez un antidépresseur ou un hypotenseur, ce sont des médicaments qui durent. Pas les antibiotiques. Il faut donc trouver des moyens de stimuler, coûte que coûte, la production de nouvelles formules. Et ça, c’est le rôle de tous. «Pour moi,explique le Pr Jacques Schrenzel, chef du laboratoire de bactériologie de l’Université de Genève, on est obligé de réactiver le pipeline des antibiotiques. Parce que c’est quelque chose que l’on sait faire. Mais en parallèle, il faut aussi que l’on soit un tout petit peu créatif et que l’on combine les antibiotiques avec d’autres stratégies. Car plus on multiplie les armes, plus on réduit lesrisques que les bactéries deviennent résistantes. Pour l’instant, il faut gagner du temps.»Gagner du temps, ça veut surtout dire trouver des nouveaux moyens de combattre certaines bactéries qui n’ont pas fini de nous en faire voir des vertes et des pas mûres. Les antibiotiques c’est bien, mais ça stimule les résistances à ces médicaments. Il faut donc songer à changer d’angle d’attaque, histoire de ne pas être, le moment venu, en retard d’une guerre.

Rendre les bactéries muettes: les stratégies anti-virulentes

Les bactéries deviennent virulentes, c’est-à-dire dangereuses, lorsqu’elles communiquent entre elles. «En nombre elles communiquent et attaquent» précise le Dr Perron. Coupées de leur système de communication, elles ne parviennent plus à savoir combien elles sont et demeurent ainsi isolées et inoffensives. «Avec les stratégies anti-virulentes,poursuit le spécialiste, on cherche à rendre un pathogène non-pathogène. On ne cherche plus à le tuer, on ne cherche plus à l’éliminer, mais à le rendre simplement non virulent.» Or, des molécules qui rendent les bactéries muettes, ça existe.

Depuis une vingtaine d’années déjà, des chercheurs se penchent sur les propriétés d’une algue rouge portant le nom de Delisea pulchra. En observant cette algue, ils ont réalisé que, contrairement aux algues voisines, les bactéries ne s’y attaquaient pas. Ils ont donc mené des recherches et sont tombés sur une molécule, le furanone, capable justement de couper la communication bactérienne. Depuis, des expériences sont menées sur des souris et les résultats sont pour le moment positifs. L’espoir serait bien sûr de pouvoir, très prochainement, inclure le furanone,ou d’autres molécules aux propriétés analogues, dans des traitements antibactériens pour l’homme. Sujet à suivre.

Modifier l’environnement des bactéries: la transplantation fécale

Autre piste étudiée: la transplantation fécale (lire notre article consacré à ce sujet). Cette pratique consiste à introduire des extraits de selles d’une personne saine dans la flore intestinale d’une personne souffrant d’une infection bactérienne. «Ce processus va engendrer une énorme bagarre de bactéries au sein de la flore intestinale de la personne malade, explique le Pr Schrenzel. Petit à petit, l’équilibre de sa flore va changer et les bactéries pathogènes vont disparaître». L’idée de cette approche est non pas de tuer les bactéries pathogènes, ni même de les rendre muettes, mais de modifier leur environnement afin qu’elles ne s’y sentent plus bien. «C’est un petit peu comme si vous étiez dans le métro. et qu’’il n’y avait plus de place. Vous pouvez envoyer des antibiotiques. Ils vont faire de la place en tuant. Ou alors, vous pouvez changer l’environnement. Vous pouvez couper la lumière, faire entrer un groupe qui fait du bruit. Cette modification de l’équilibre de la flore intestinale va faire que certaines bactéries résistantes, ou des bactéries que l’on n’aime pas, vont partir. Elles vont se dire: c’est insupportable ici, il y a trop de bruit dans ce wagon, je me tire».

Actuellement, la transplantation fécale est utilisée uniquement pour les infections du colon (colites) par le clostridium difficile,une bactérie résistante aux antibiotiques. Des recherches sont menées pour étendre les vertus de cette approche thérapeutique qui semble extrêmement intéressante. Mais, comme le précise le Pr Schrenzel, la transplantation fécale est une procédure relativement récente et ses effets n’ont pas encore été clairement évalués. «Nous ne connaissons pas encore les effets que peut avoir une modification de la flore intestinale chez un individu. Nous savons par exemple déjà que cette flore joue un rôle dans l’obésité. Ce que nous voulons éviter, c’est de régler un problème et d’en amener un autre.»

Il faudra donc attendre, probablement encore une dizaine d’années, avant que cette approche thérapeutique fasse florès et puisse s’étendre au traitement d’autres infections bactériennes.

Les ennemis de mes ennemis sont mes amis: la phagothérapie

L’alternative aux antibiotiques la plus probante reste pour le moment la phagothérapie.

Composée de virus, appelés phages, qui infectent et tuent uniquement les bactéries, la phagothérapie semblerait, du moins sur papier, avoir tous les avantages des antibiotiques sans ses inconvénients.

Elle ne tue que les mauvaises bactéries, n’induit que très rarement des effets secondaires et la simplicité de sa manufacture suggère qu’il serait vain de dépenser des milliards. Autre avantage des phages: leur quantité.«Il y en a 10³¹ sur la planète, soit dix fois plus que de bactéries», explique le Dr Perron. Les phages sont donc une source inépuisable de solutions, ce qui écarte d’emblée le problème des bactéries résistantes. «Il faut savoir que nous retrouverons toujours un bactériophage capable de lyser la bactérie. Si un antibiotique ne marche plus, nous en prenons un autre. Le problème c’est que nous n’avons plus assez de nouveaux antibiotiques. Si nous voulons en trouver d’autres, il nous faut quinze ans et des milliards. Avec la phagothérapie, en deux jours vous trouvez un autre cocktail qui fonctionne».

Cette technique incroyable date pourtant du siècle dernier. Découverte dans les années 1920, elle a été délaissée avec l’avènement des antibiotiques, après la Seconde Guerre mondiale. Seuls les pays se trouvant derrière le rideau de fer ont continué à investir dans la phagothérapie. A présent, son centre de référence, l’institut George Eliava, se trouve à Tbilissi en Géorgie. C’est là que de nombreux Suisses se rendent chaque année pour bénéficier de traitement qu’ils ne peuvent pas se procurer chez nous. Car, hormis pour l’agriculture où les phages sont déjà utilisés, la phagothérapie reste illégale en Europe. Elle sera bientôt permise, mais en attendant, si vous souffrez par exemple d’un staphylocoque doré résistant, c’est en Géorgie que vous risquez de trouver la solution à tous vos problèmes. Pour le Dr Perron, il n’y a pas doute: les pharmacies de demain seront remplies de petites fioles opaques contenant des bactériophages. «Ce n’est qu’une question de temps» conclu le spécialiste.

Les stratégies anti-virulentes, les transplantations fécales et la phagothérapie, c’est bien joli, mais si vous souffrez d’une méningite aiguë, il n’y aura que les antibiotiques pour vous sortir de là. En d’autres termes, des alternatives à ces médicaments il y en aura, mais pas pour tous les cas. Le message est donc le suivant: plus l’on créera des alternatives aux antibiotiques, moins on en utilisera et moins les bactéries développeront des résistances. Il faut garder les antibiotiques pour les coups durs, là où il n’y a tout simplement pas d’autre moyen de traitement. La question se pose donc: est-ce vraiment nécessaire de stimuler la croissance du bétail à l’aide d’antibiotiques? Pas sûr.