La population bactérienne de nos poumons influence leur santé

Il y a des microbes dans nos poumons. Pas de panique, c’est normal dans la très grande majorité des cas! Notre corps recèle en effet de milliards de bactéries et, habituellement, nous coexistons pacifiquement avec elles. L’ensemble de ces micro-organismes s’appelle le microbiote humain et, depuis quelques années, les scientifiques se rendent compte qu’il a de nombreux impacts sur le fonctionnement de notre corps et de notre santé. Au sein de cet ensemble bactérien, on connaît toujours mieux le microbiote du système digestif, mais la découverte d’un microbiote des poumons a été une énorme surprise pour les scientifiques. «Les traités de médecine considéraient le poumon comme stérile», relate le Pr Laurent Nicod, chef du service de pneumologie du Centre hospitalier universitaire vaudois (Chuv). Si on ne les avait pas identifiées plus tôt, c’est que ces bactéries sont difficiles à cultiver hors du poumon. Mais les techniques de séquençage génétique à haut débit ont permis de révéler toute la diversité de cette flore bactérienne.

Influence sur l’immunité

«Elle commence à être connue depuis quatre ou cinq ans, poursuit le spécialiste. Nous cherchons aujourd’hui à connaître son origine et à préciser sa composition. Celle-ci est peut-être déterminée par le contact lors de la naissance avec la flore vaginale de la mère. De même, au cours de notre vie, il se peut que les bactéries de la bouche et de la gorge influencent la composition du microbiote de nos poumons. Enfin, il est probable que l’environnement ait une incidence sur celle-ci mais on ignore encore à quel point», poursuit le spécialiste. De manière générale, entre le microbiote, les affections et l’environnement, «les rapports dans le poumon sont bien plus interdépendants qu’on le pensait auparavant», résume le pneumologue. Les scientifiques font ainsi l’hypothèse que les bactéries de nos poumons contribuent à nous protéger des infections virales. De la santé de notre microbiote dépendrait donc, en partie, la santé de nos poumons. Le microbiote digestif a d’ailleurs probablement un effet indirect sur la santé de nos poumons. «Il fait passer dans le sang des acides gras à chaîne courte qui ont un effet dans la moelle sur des cellules actives dans notre immunité, détaille le Pr Nicod. Chez l’animal, on a montré un impact de ce fait sur des maladies respiratoires comme l’asthme ou la bronchopathie chronique obstructive (BPCO)».

Un nouveau territoire

Chez l’être humain, les scientifiques ont montré que la flore bactérienne des poumons n’était pas la même chez des sujets sains, des personnes souffrant de BPCO, de fibrose pulmonaire ou des patients qui avaient reçu une transplantation pulmonaire. Evidemment, la maladie modifie l’environnement du poumon, ce qui le rend plus ou moins accueillant pour différentes bactéries. Mais on peut également postuler l’effet inverse, explique le Pr Nicod, à savoir que, selon sa composition, son équilibre, notre microbiote pulmonaire nous rendrait plus ou moins susceptible de déclarer ou d’aggraver certaines affections. Les personnes transplantées du poumon connaissent ainsi d’importantes variations de leur microbiote. Assurer un bon équilibre de celui-ci par un éventuel traitement pourrait permettre de réduire le risque de complications postopératoires. De même, les personnes qui souffrent de fibrose pulmonaire, une maladie où le tissu des poumons se dégrade prématurément, connaissent des exacerbations, des périodes où leur maladie s’aggrave subitement. Garantir un équilibre bactérien du poumon pourrait réduire la fréquence de ces épisodes. Idem pour la BPCO. Quant à l’asthme, un microbiote bien régulé pourrait diminuer le risque d’infections virales qui aggravent la maladie. L’environnement bactérien du poumon est un territoire qui s’ouvre pour les chercheurs. Il leur reste encore beaucoup à comprendre sur son fonctionnement et son évolution. Afin, demain, de disposer de traitements qui exploitent ses propriétés.